(…) cmentarz nie jest związany z wydarzeniami historycznymi, (…) na terenie w/w cmentarza nie ma pochowanych zwłok osób o wybitnym znaczeniu dla historii kultury. Cmentarz ten został znacznie zniszczony w czasie drugiej wojny światowej oraz zdewastowany w latach powojennych, (…) cmentarz nie posiada specjalnych cech o szczególnym znaczeniu dla kultury lub historii (…)*.

* Opinia Miejskiego Konserwatora Zabytków w Poznaniu z dnia 31 stycznia 1964 r.; Archiwum Akt Nowych w Warszawie, Ministerstwo Gospodarki Komunalnej w Warszawie, sygn. 9/49, Decyzje o zamknięciu cmentarzy i przeznaczeniu ich na inny cel w województwie poznańskim, k. 52.

Wbrew urzędowej opinii, przygotowanej na potrzeby trwającej kilka lat procedury likwidacji poznańskich cmentarzy wyznaniowych (po 1945 r.), stwierdzić należy, iż zarówno na cmentarzu staroświętojańskim, jak i na starym cmentarzu św. Małgorzaty (archikatedralnym), przez ponad 100 lat ich użytkowania, dokonywano pochówków obywateli zasłużonych dla Poznania, regionu i kraju. Byli to nie tylko uczestnicy polskich powstań narodowych; na nekropoliach przy ul. Świętojańskiej spoczęli ludzie nauki, kultury i sztuki, „utrudzeni w pracy dla Polski” działacze społeczni oraz wielkopolskie duchowieństwo…

Kiedy na przełomie lat 50. i 60. XX w. los cmentarza został przesądzony decyzją miejskich i państwowych urzędników, Społeczna Komisja Cmentarza Zasłużonych wytypowała (dość autorytarnie, trzeba przyznać) groby wybitnych obywateli do ekshumacji na tworzony wówczas Cmentarz Zasłużonych (Wielkopolan). Wskazano też nagrobki o szczególnej wartości artystycznej, które zabezpieczyć miał Wydział Kultury. Ekshumację i przenosiny wykonać miały solidarnie Zarząd Zieleni Miejskiej oraz Wydział Gospodarki Komunalnej i Mieszkaniowej Prezydium Dzielnicowej Rady Narodowej Poznań-Nowe Miasto.

Translokacja wybranych szczątków z Komandorii odbyła się w latach 1964-1966. Ekshumacji na Miłostowo dotyczyło 610 zgłoszeń (to tam, m.in do tzw. kwatery kanoników, przeniesiono duchowieństwo, jednak wiele z tych grobów dziś już nie istnieje), na Junikowo: 70 zgłoszeń oraz niewielka ilość na pozostałe czynne cmentarze parafialne w Poznaniu. Bez wątpienia liczby te nie stanowią kompletu pochowanych na Komandorii dawnych mieszkańców Poznania; to raczej znikomy procent nagromadzonych przez stulecie pochówków… Szczątki zapewne pozostają w ziemi, na obszarze zaniedbanego, pocmentarnego parku, od roku 2000 – własności parafii świętojańskiej.