Utrzymująca się długo swoista dezynwoltura nazewnicza, wiele lat później doprowadziła do nieścisłości przy sporządzaniu dokumentacji finalizującej likwidację obu cmentarzy w połowie lat 60. XX w. Rzecz znacząco upraszczając, oba cmentarze nazywano po prostu „cmentarzem wyznaniowym”, który w 1948 r. znalazł się na liście parafialnych miejsc pochówku, odgórnie wyznaczonych do likwidacji.

Urzędnicy wskazywali potrzebę budowy parku (późniejszy Park Miejski im. Tysiąclecia Państwa Polskiego) oraz rozbudowy infrastruktury sportowej i kąpieliska (od początku lat 50. Malta stawała się ośrodkiem sportów wodnych). Argumentowano, iż cmentarz nie posiada nagrobków zabytkowych, nie jest „związany z wydarzeniami historycznymi”, a także nie pochowano na nim zwłok osób o wybitnym znaczeniu dla historii i kultury. Zwracano uwagę na znaczne zniszczenia w trakcie II wojny światowej oraz postępującą dewastację – efekt braku regularnej opieki. 

Opis krajobrazu, dotyczący późniejszego okresu (tj. końca lat 50. XX w.), zamieszczony w pracy habilitacyjnej zasłużonej działaczki oświatowej, propagatorki ochrony przyrody i organizatorki rezerwatu dydaktycznego Malta, Heleny Szafran, zdaje się to potwierdzać. Zauważa ona, iż teren połączonych nekropolii nie zachował po II wojnie światowej „cmentarnego charakteru”. Od strony południowo-wschodniej (część archikatedralna) pozbawiony był ogrodzenia, przez co zatarła się granica z dziko rosnącą zielenią, otaczającą Jezioro Maltańskie. Cmentarz był przepełniony – przez dziesięciolecia stanowił miejsce ostatniego spoczynku mieszkańców podmiejskich wsi prawobrzeżnego Poznania. Usytuowany na terenach przybrzeżnych spiętrzonego Jeziora Maltańskiego przestał spełniać normy ustawowe dotyczące zalegania zwierciadła wód gruntowych. Teren został wywłaszczony w latach 1953/54 i przeszedł na własność Skarbu Państwa. Formalności urzędnicy miejscy i ministerialni dopełnili na początku lat 60. XX w. Ponieważ pochówki na cmentarzach miały miejsce jeszcze podczas wojny, wystarano się o specjalne pozwolenie umożliwiające ekshumacje, mimo iż od ostatniego odnotowanego w księgach cmentarnych pogrzebu nie upłynęło wymagane ustawą 40 lat. 

Ekshumacje, prowadzone w latach 1964-1966, zorganizowano dobrze i przeprowadzono sprawnie – ocenia Łukasz Jastrząb, autor książki pt. „Likwidacje cmentarzy rzymskokatolickich w Poznaniu po 1945 r.”. Zarządcę cmentarza uprzedzono o likwidacji; ludność poinformowana została poprzez komunikaty prasowe oraz umieszczenie stosownych tablic na terenie cmentarza. Odmiennie wyglądają relacje potomków osób pochowanych na tych cmentarzach (z którymi można zapoznać się choćby na forum Wielkopolskiego Towarzystwa Genealogicznego „Gniazdo”.) Pojawiły się tam głosy, iż ekshumacje były chaotyczne, nie do wszystkich zainteresowanych informacja o likwidacji cmentarza dotarła, a część grobów, których wcześniej nie „rozjechały” spychacze i koparki, została zalana przez powiększone Jezioro Maltańskie (co nie jest prawdą!).

Należy zaznaczyć, iż wbrew opinii powojennych urzędników, oba cmentarze na Komandorii były miejscem ostatniego spoczynku wielu zasłużonych osób ze świata nauki, kultury i sztuki, duchowieństwa, a także weteranów dziewiętnastowiecznych powstań narodowych. W kręgu członków Towarzystwa Miłośników Miasta Poznania wytypowano do ekshumacji zmarłych, godnych przeniesienia na tworzony wówczas Cmentarz Zasłużonych. Łukasz Jastrząb podkreśla, iż zamieszczona przez niego lista osób pierwotnie pochowanych na obu cmentarzach staroparafialnych, w połowie lat 60. ekshumowanych na Miłostowo, zawiera jedynie 507 nazwisk, jednak na samym tylko cmentarzu archikatedralnym znajdowało się ponad 1300 mogił. Trudno dziś dokonać pełnej weryfikacji, bowiem, jak informują parafie św. Jana i św. Małgorzaty, księgi cmentarne zaginęły podczas II wojny światowej.

Porównaj: ZASŁUŻENI OBYWATELE, POCHOWANI NA KOMANDORII.

Cmentarze staroparafialne przy ul. Świętojańskiej były jednymi z najważniejszych nekropolii przedwojennego Poznania. Gdyby przetrwały do dziś, bez wątpienia stanowiłyby istotny element krajobrazu kulturowego.